Ang pelikula ay nagbubukas tatlong taon matapos ang mga nakaraang pangyayari ng unang pelikula. Ang mga nabuhay sa mga nakaraang Battles Royale ay bumuo ng isang rebolusyonaryong grupo na tinatawag na Wild Seven, sa pangunguna ni Shuya Nanahara. Gayunpaman, ang rebolusyonaryong grupo na ito ay ngayon ay itinuturing na isang pandaigdigang teroristang grupo. Kaya, sa ngalan ng katarungan, ipinakilala ng mga awtoridad ng pamahalaan ang isang bagong laro: Ang Millennium Anti-Terrorism Act AKA Battle Royale II. Pagkatapos ay lumipat ang eksena sa Shikanotoride Middle School, na itinuturing na isang pampasaherong koleksyon ng mga talunan at mga delinkwente mula sa iba't ibang bahagi ng bansa. Lumalabas na ang lahat ng mga mag-aaral doon ay itinuturing ng pamahalaan na walang kinabukasan. Isang araw, niloko ang lahat ng 42 mag-aaral ng ikasiyam na baitang na sumama sa isang field trip, ngunit sila'y binigyan ng gamot upang makatulog sa daan. Nang magmulat sila, nakita nila ang kakaibang mga elektrikong kuwelyo sa kanilang leeg. Hinijack ang bus ng autoritaryanong pamahalaan ng Hapon, at dinala sila sa isang military base. Pagdating doon, pinasok ang mga mag-aaral sa isang hawla, na pinaliligiran ng mga armadong bantay. Sa kalagayan ng pagkabahala,
Ang mga batang lalaki at babae ay desperadong sumusubok na makatakas, ngunit ang kanilang mga pagsisikap ay pawang walang saysay. Maikli pagkatapos, hinarap ng mga mag-aaral ang kanilang guro sa paaralan: si Takeuchi Riki, na nagpapakilalang isa sa mga matatanda na nagtatrabaho sa pamahalaan. Sinabi niya sa mga mag-aaral na sila ay napili bilang unang grupo na lalahok sa bagong laro ng Battle Royale. Matapos ito, ipinaliwanag niya ang mga patakaran ng laro; ang kanilang pangunahing layunin ay upang hanapin at patayin ang buong mga miyembro ng Wild Seven sa loob ng 72 oras. Sa halip na pilitin silang patayin ang isa't isa, tulad ng nangyari sa nakaraang Battle Royale, kailangan lumaban ng mga mag-aaral laban sa Wild Seven. Binigyan sila ni Riki ng dalawang pagpipilian: lumahok sa digmaan o agad na ipapatay. Dahil sa takot para sa kanilang buhay, pumayag nang may pag-aatubili ang lahat ng mga mag-aaral na sumali sa laro ng kamatayan, maliban sa isang mag-aaral. Bilang kapalit, siya ay agad na pinatay, na ikinabahala ng lahat. Sandali pagkatapos, nagsimula nang umingay ang kuwelyo ng isang babae. Ipinakita ni Riki ang isa pang pahayag: ang lahat ng mga kuwelyo ng mga mag-aaral ay may kapareha; kung mamatay ang isang mag-aaral o lumampas sa saklaw, ang kanyang kapareha ay automatikong papatayin sa pamamagitan ng pagpapasabog ng kuwelyo. Ito ay nagpapraning sa babae at siya'y lumuhod para humingi ng awa, ngunit sa huli ay kinuha rin ng kuwelyo ang kanyang buhay. Sa mga pangyayari pagkatapos, binigyan ang lahat ng 40 mag-aaral ng kanilang armas at sandata bago ipagpatuloy ang kanilang misyon. Sila'y ipinadala via bangka patungo sa isang isla na kontrolado na ng Wild Seven at ginagamit bilang kanilang tanggulan. Sa paglapit sa isla, agad na binuksan ang apoy ng mga miyembro ng Wild Seven group, na naniniwalang sila ay mga sundalo. Ang matinding putukan na ito ay ikinamatay ng 12 mag-aaral bago pa man nila maabot ang isla. Ang natitirang mga nakaligtas ay nagawa pa ring makarating sa isla, ngunit sila'y naghiwa-hiwalay sa dalawang grupo—isa ay tumatakbo sa tabing dagat, habang ang isa pang grupo ay nagtago sa likod ng mga bato. Hindi nagtagal, may isang helicopter na dumaan at naglabas ng ilang suplay para sa kanila. Matapos ito, nagsimulang tumakbo ang mga mag-aaral upang kunin ang mga suplay na naglalaman ng iba't ibang kapaki-pakinabang na bagay tulad ng grenade launcher, bala, at mga unang kagamitan. Ang mga mag-aaral ay saka tumakbo patungo sa mas magandang takip, ngunit isa sa kanila, si Shugo, ay tinamaan habang nagtatago. Sinikap ng kanyang mga kasamahan na ituring ang kanyang sugat, ngunit hindi ito humihinto sa pagdudugo. Sa puntong iyon, nagsimulang umingay ang kuwelyo niya, at napagtanto nila na lumampas na si Miki, ang kanyang kapareha, sa ligtas na saklaw. Hinimok nila itong tumakbo patungo sa grupo,
upang tiyakin sa kanya na kanila siyang aalagaan. Gayunpaman, tumakas ang nerbiyosang babae mula sa grupo sa halip, na nauwi sa kanyang pagsabog. Ngayon na patay na ang kanyang kasama, batid na ni Shugo ang kanyang nalalapit na kapalaran. Bilang resulta, nagdesisyon siyang tapang na harapin ang ilang mga kaaway bago siya mamatay. Pagkatapos ay lumabas siya sa bukas na lugar at nagsisimula ng pumutok, ngunit siya ay binaril ng isang kaaway na sniper.
Matapos ang trahedya, tumakbo ang natitirang mga mag-aaral patungo sa isang sira-sirang gusali, habang ipinapahayag ni Riki ang mga pangalan ng mga yumao. Pagdating doon, isa sa mga mag-aaral, si Haruka Kuze, kumuha ng isang insulin at ito'y iniksyunan sa kanyang katawan. Nang itanong ng isang lalaking mag-aaral, si Takuma Aoi, tungkol dito, ibinunyag ni Kuze na siya ay may diyabetis mula pa nang siya'y ipinanganak at ang kanyang dosis ay tatagal lamang ng 3 araw. Kaya, kung hindi nila agad matatapos ang kanilang misyon, mauubusan siya ng insulin.
Bigla namang may pumutok sa labas at may isang grupo ang nagtungo upang imbestigahan. Sa kanilang pagkabahala, nakita nila ang isang mag-aaral na nakabitin sa poste, na parehong mga braso ay putol. Kaagad nilang napagtanto na puno ng landmines ang lugar at sila ay nasa gitna ng isang minahan ng landmines. Ilang sandali pa, nagsimulang umingay ang kuwelyo ng isang babae, na nagpapraning sa iba pang mga mag-aaral. Lumala pa ang sitwasyon nang mag-umpisa ang mga miyembro ng grupo na mag-away-away sa kanilang susunod na galaw. Narinig ng iba pang grupo ang ingay sa pamamagitan ng komunikasyon, kaya plano ni Aoi na tumakbo para sa kanilang tulong. Gayunpaman, hawak siya sa baril ng isang babae na tinatawag na Shiori at idinidiin na hindi niya siya papayagan na lumayo hanggang hindi nila natatapos ang kanilang misyon, marahil dahil sila ay magkapareha. Narito, ipinakita na si Shiori ay walang iba kundi ang anak ng isang guro, na pinatay ni Nanahara tatlong taon na ang nakakaraan. Mula noon, nagtratrabaho siya upang maghiganti sa kamatayan ng kanyang ama.
Sa kabilang banda, nahulog ang putol na katawan ng lalaki sa minahan ng landmines, na nagdulot ng sunud-sunod na pagsabog. Ang pangyayaring ito ay nagdulot ng pagkamatay ng ilan, pabababa sa bilang ng mga nabubuhay hanggang 18 lamang.
Matapos ito, nagkita-kita at nagpatuloy ang dalawang grupo ng mga mag-aaral patungo sa fortaleza. Ito ay itinayo sa isang matarik na burol, na malaking kahinaan para sa mga mag-aaral.
Sa kabila nito, nakakaiwas sila sa mga bala ng kalaban at sa wakas ay nakapasok sa kuta. Kapag nasa loob na sila, napansin nila ang isang batang babae na tumatakas, kaya't sinundan sila ng koponan. Ngunit biglang may sumabog na ilang bomba, na nagulat sila. Bago pa man sila makapag-react, nag-on ang ilaw at maraming baril ang nakatutok sa kanila. Humiling ang mga rebelde na isuko nila ang kanilang mga armas, ngunit isa sa mga mag-aaral ang pumutok. Bilang resulta, nagsimula ang isang matinding labanan sa pagitan ng dalawang grupo. Sa dulo nito, anim na mag-aaral pa ang nawala sa buhay, na nagdulot sa pag-activate ng mga kuwelyo ng kanilang mga kapareha. Pagkakita sa kanilang mga kuwelyo, napagtanto ng mga tinatawag na terorista na hindi sila mga sundalo. Agad nilang dinala ang isang malaking aparato at nag-produce ng isang electromagnetic pulse na pumipigil sa lahat ng mga kuwelyo, na nagbubuwag din sa kanilang koneksyon sa military base.
Sa basecamp, nagulat ang mga tagapamahala ng Battle Royale sa pagtuklas na biglang naging offline ang lahat ng mga kuwelyo. Agad silang nag-isip ng alternatibo at nagpadala ng isang espesyal na puwersa upang tapusin ang trabaho. Sa kuta, inalis ang lahat ng armas ng mga mag-aaral at dinala sa harapan ni Nanahara. Doon, napansin ng mga mag-aaral ang ilang nakahilera at patay na katawan ng mga miyembro ng Wild Seven. Nakita rin nila ang maraming mga bata, na naiwanang ulila matapos mamatay ang kanilang mga magulang sa digmaan. Maikli pagkatapos, nilapitan sila ni Nanahara, na nagtatanong kung ang pagpatay sa kanya ay talagang maglulutas ng anuman. Sinabi pa niya na hindi sila kailanman magkakaroon ng normal na buhay kahit magtagumpay sila sa kanilang misyon. Bilang resulta, ipinangako niya na magpapatuloy siya sa pakikipaglaban hanggang sa mag-alok ang pamahalaan sa kanila ng mapayapang buhay. Nang maunawaan ng mga mag-aaral na ang mga rebelde ay hindi ang kanilang kaaway, nagpasya silang baguhin ang kanilang panig at tulungan ang Wild Seven na tapusin nang tuluyan ang Battle Royale.
Sa susunod na eksena, dumating ang espesyal na puwersang armado sa kuta. Isa sa mga rebelde ang nakakita sa kanila at tumakbo upang balaan ang natitirang grupo. Agad na kumilos ang mga rebelde, kasama na ang mga mag-aaral, upang harapin ang banta. Nang mapansin sila ng mga sundalo, nagkontak sila sa kanilang base upang iulat ang pagbabago ng panig ng mga mag-aaral. Matapos ang mahabang labanan, nagtagumpay sa wakas ang mga rebelde na mapatumba ang lahat ng armadong puwersa. Gayunpaman, namatay si Kuze sa proseso. Nainis dito si Aoi, at itinuro si Nanahara, sinasabing hindi siya mas mabuti kaysa sa malupit na pamahalaan.
Samantala, pumunta si Shiori sa isang iniwang silid kung saan makikita niya ang isang piano. Habang siya'y nagsisimula itong tugtugin, naaalala niya ang kanyang nakaraan kung paano niya itong tinugtog sa bahay. Isang araw, nasa kanyang silid siya at nagtutugtog ng piano nang pumasok ang kanyang ama. Malinaw na nasaktan siya dahil nakalimutan ng kanyang ama ang kanyang kaarawan. Bilang resulta, malamig niyang tinabla ito, hindi batid na iyon na magiging huling pag-uusap nila.
Ito ang ikatlong araw ng misyon, at ang lahat ng mga mag-aaral ay pinalaya mula sa kanilang pampasabog na mga kuwelyo. Si Nanahara, na napagtanto na kailangan niya ng pandaigdigang suporta upang talunin ang pamahalaan, nagpapadala ng isang video mensahe sa mundo. Sa mensahe, ipinahayag niya na dapat magkaroon ang lahat ng karapatan na mabuhay ng malaya at mapayapa. Sa paglalarawan ng kanilang kasalukuyang kalagayan, nanawagan siya sa lahat ng kabataan sa buong mundo na magrebelyon laban sa karahasang ito. Ngunit bilang tugon sa video, isang misil ang inilabas sa isla, na pumatay pa ng higit pang mga mag-aaral at mga miyembro ng Wild Seven. Ang kaguluhan ay nagdulot sa lahat na magkanya-kanya sa isang desperadong pagtakbo upang iligtas ang kanilang sarili.
Sa kabilang banda, tumanggap ang mga tagapamahala ng Battle Royale ng isang video call mula sa Punong Ministro, na nagpapaalam sa kanila na ang misil ay inilabas ng Estados Unidos. Bukod dito, binalaan nila ang Japan na mag-atake muli sa loob ng 12 oras kung hindi malulutas ang sitwasyon. Kaya, upang makaiwas sa nalalapit na banta, kinuha ng Punong Ministro ang komando ng militar na naroroon sa Battle Royale headquarters. Pagkatapos ay ipinadala niya ang lahat ng mga sundalo upang puksain ang buong Wild Seven nang tuluyan. Galit na galit si Riki sa pagbabago ng mga aksyon. Sa gitna ng mainit na argumento, ibinunyag niya na may parehong uri ng kuwelyo sa kanyang leeg tulad ng mga mag-aaral.
Sa isla, ginugunita ng mga nabuhay ang kanilang mga yumao na kasama sa pamamagitan ng pagsusunog ng kanilang mga katawan at pamamaril sa kalangitan. Sa sandaling ito, ibinunyag ni Nanahara ang kanyang plano para sa mga mag-aaral at mga bata na umatras patungo sa pangunahing lupain sa pamamagitan ng isang minahan, habang mananatili ang Wild Seven upang harapin ang mga sundalo.
Sa sumunod na umaga, nagpaalam ang mga mag-aaral at mga bata sa Wild Seven nang huling beses. Matapos nito, lahat sila, maliban kay Shiori, ay pumunta sa minahan habang ang Wild Seven ay naghanda para sa kanilang huling laban laban sa puwersa ng militar. Hindi nagtagal, dumating ang daan-daang armadong sundalo sa isla. Sinubukan ng Wild Seven ang lahat ng kanilang makakaya upang makipaglaban. Ginamit nila ang lahat ng armas nila laban sa mga lumalapit na sundalo, ngunit malinaw na hindi nila sila mapigilan sa pag-advance at sa huli ay napalampas.
Samantala, habang tumatakbo ang mga mag-aaral sa loob ng tunnel, narinig nila ang putukan. Nahahalata nila na kailangan ng tulong ang mga rebelde, kaya't nagdesisyon si Aoi at dalawang kaibigan na bumalik sa labanan. Sumali sila sa laban at nagsimulang pumatay ng maraming sundalo hangga't maaari. Nagbuwis ng buhay ang dalawang kaibigan, ngunit hindi bago ipinakawala ang isang malaking rocket launcher, na pumatay ng maraming manlulupig. Sa ibang lugar, napagtanto ng isa sa mga babaeng rebelde na malapit na ang mga sundalo. Kaya't pinakiusapan niya ang kanyang mga kasamahan na umalis, habang siya ay nanatili upang magbigay sa kanila ng oras. Sumunod sa kanyang utos ang iba pang mga rebelde, pagkatapos ay nag-activate siya ng isang time bomb bago siya mapatay.
Ang matinding labanan ay nagdulot ng malalaking pinsala sa parehong panig, na iniwan sina Nanahara, Aoi, at Shiori bilang natitirang mandirigma. Nagtagumpay ang tatlo na patumbahin ang kapitan ng espesyal na puwersa, ngunit hindi ito sapat upang tapusin ang labanan. Habang sila'y nagsusumikap na lumisan, lumitaw si Riki at ipinahayag ang kanyang suporta sa mga rebelde. Sa sandaling iyon, nagsimulang umingay ang kuwelyo sa kanyang leeg, kaya't pinakiusapan niya ang tatlo na umalis agad doon.
Nakakalabas silang tatlo ng ilang segundo bago sumabog ang buong kuta. Bagamat nakalabas sila sa matibay na pwesto, hindi pa tapos ang laban, dahil kailangan pa nilang harapin ang maraming sundalo sa labas. Habang patuloy ang digmaan, isang bala ang tumama kay Shiori, na nagdulot sa kanya ng malubhang sugat. Sa pagkakita dito, tumakbo si Nanahara patungo sa kanya, habang si Aoi ay patuloy sa pakikipaglaban mag-isa. Bago siya mamatay sa kanyang mga bisig, ibinunyag niya na siya ay anak ni Kitano, na nag-iwan kay Aoi ng pagkabigla sa sandaling iyon. Gayunpaman, pinatawad niya siya sa pagpatay sa kanyang ama dahil ngayon ay alam na niya kung para saan talaga siya lumalaban. Matapos maglaan ng sandaling luksa, nagpatuloy sina Nanahara at Aoi sa laban nang may matibay na determinasyon. Hindi nagtagal, naglabas ang Estados Unidos ng ilang misil na sumabog sa buong isla, pumatay sa lahat ng natitirang mga sundalo. Sa wakas, natapos ang battle royale sa isang hindi tiyak na kalagayan, na naglalaman ng mga kapalaran ni Nanahara, Aoi at ng mga natitirang mag-aaral bilang hindi tiyak.
Pagkatapos ay bumilis ang eksena tatlong buwan mamaya, kung saan sina Nanahara at Aoi ay nagmamaneho sa gitna ng disyerto sa Afghanistan. Doon, sila'y nagkita muli sa iba pang kanilang mga kasamahan na nabuhay, na nagdulot sa kanila ng malaking ligaya. Sila'y nagtipon muli bilang mga kaibigan, ngunit ang susunod na mangyayari sa kanila ay nananatiling hindi tiyak.
